De acordo com a constituição egípcia, todos têm liberdade religiosa. Contudo, há séria discriminação contra os cristãos. Eles raramente obtêm uma licença para construir ou mesmo restaurar uma igreja.

Segundo o bispo Thomas de Al Kosya, as autoridades estão misturando a religião com a adoração.

"Nós, realmente, temos liberdade de adoração, mas nós não temos liberdade de religião", conta ele a Portas Abertas. Ele quer dizer que cristãos têm permissão de praticar sua religião dentro das paredes de suas igrejas, mas no lado de fora, quase nada é permitido. Além disso, existem poucas igrejas.

"O Egito experimentou uma explosão populacional desde a década de 1920, mas há simplesmente o mesmo número de igrejas que havia naquela época. 
Contudo, o número de mesquitas construídas é dez vezes maior do que o de igrejas cristãs. Al Kosya é uma cidade muito privilegiada com igrejas, mas todas elas são pequenas. A maior igreja pode acomodar 600 pessoas. Há 34 mil cristãos, contudo, com a união de todas as igrejas, há lugar para apenas duas mil pessoas. Licenças são raramente concedidas para a construção de igrejas. Nenhuma outra foi construída em Al Assuit, desde 1932".

Desde 2002, a obtenção de licença para construção ou reforma de uma igreja não precisa ser mais emitida pelo presidente. Agora, o governo local tem permissão para emiti-la.

"Em alguns bairros, isto significa um grande progresso, mas não em Al Kosya", afirma o bispo Thomas. "Nós ainda não obtivemos qualquer licença para construir ou reformar igrejas".

Ele menciona um recente exemplo de seu próprio bairro para ilustrar qual é a situação para os cristãos.

No vilarejo de Talhet al Amida, no bairro de Minia, quando a parede ao redor da igreja foi parcialmente derrubada por uma tempestade, os membros da igreja imediatamente iniciaram a consertar a parede de barro. Isto aconteceu durante a última noite de um sábado. Eles realizaram isto imediatamente, na esperança de que as autoridades não percebessem para, assim, não precisarem contar com a obtenção de uma licença para consertar a parede.

Contudo, um muçulmano na vizinhança alertou a polícia, que imediatamente entrou em cena. O comissário da polícia ordenou que as pessoas parassem de trabalhar. O sacerdote da igreja, o padre Michael, que estava encarregado, foi intimado para ir à delegacia em um vilarejo próximo. Michael fez objeção a isto e prometeu comparecer na delegacia após o primeiro culto da igreja naquela manhã. Contudo, isto não foi permitido.

Ele e quatro funcionários foram colocados em uma caminhonete, o padre no assento do passageiro e os outros presos na parte traseira aberta da camioneta. O policial, que é um muçulmano fanático, dirigiu a caminhonete. Segundo testemunhas oculares, ele dirigiu como um louco em direção ao vilarejo, onde se localiza a delegacia. Próximo ao canal, ele perdeu controle do carro. Somente o motorista teve tempo de pular,  enquanto o veículo se chocou com o canal. O padre e dois membros do conselho da igreja foram mortos.

Algumas pessoas estão convencidas que o policial dirigiu, intencionalmente, em direção ao canal. Outras fontes mencionam que foi um acidente.

Entretanto, eventos como este, em que muçulmanos enganam cristãos de maneira perigosa, ocorrem em média, uma vez por mês no Egito.