Uma pesquisa conduzida por Portas Abertas descobriu que por toda Colômbia, igrejas sofrem vários graus de perseguição. Algumas vezes, os templos continuam abertos apesar de os perseguidores tentarem fazer com que os membros fujam.

Nas demais regiões do país, entretanto, perseguição é sinônimo de prédios fechados. As guerrilhas de esquerda e os grupos paramilitares de direita estão por trás do fechamento de 132 igrejas (sem contar igrejas domésticas) na Colômbia desde 2004. Um pequeno número de igrejas foi forçado a fechar por ações de grupos indígenas.

O principal motivo pelos quais os grupos armados forçam as igrejas a fecharem é o fato de não concordarem com as pregações e os ensinos dos pastores e dos líderes. Os guerrilheiros acreditam que os cristãos são contra a doutrina marxista e que os pastores estão tentando estender o “imperialismo estadunidense”. A opinião deles é que os pastores levantam dinheiro para construir templos, mas não se preocupam com projetos sociais que ajudem os pobres. Ao contrário dos pastores e dos líderes cristãos, os guerrilheiros acreditam que a solução de todos os problemas se encontra não em Deus, pois eles não acreditam que Ele exista, mas na revolução armada.

No fim de março, a Portas Abertas falou com um alto comandante da FARC que reiterou que a ordem de fechar as igrejas e banir todas as reuniões evangélicas das áreas controladas por guerrilhas vem do comitê nacional de liderança do grupo rebelde. Os líderes têm poder para sentenciar a morte os pastores que desobedecerem as suas ordens.

Os grupos guerrilheiros têm uma hierarquia dentro da organização. Um simples comandante, entretanto, é responsável por colocar em prática a decisão do comitê, seja de permitir que os pastores dirijam cultos ou mesmo se reúnam na casa dos membros de sua igreja. A ironia é que a maioria dos guerrilheiros possui familiares cristãos ou são, eles mesmos, ex-membros de igrejas.

A Portas Abertas entrevistou um comandante que disse que os rebeldes não se metem com as igrejas que obedecem as regras da guerrilha. É extremamente difícil para os cristãos aceitarem esse acordo.

- Nenhuma reunião em casa ou na igreja poderá acontecer sem a permissão do líder da guerrilha.

- Os cristãos não podem pregar contra a revolução armada ou para os guerrilheiros.

- As igrejas não podem recolher ofertas, a não ser quando a guerrilha exija algum tipo de pagamento. As igrejas não podem convidar pregadores de outras localidades.                                                                                                                                                                                                                                                

Um pastor do sul da Colômbia disse que enquanto a igreja prega a paz, os grupo  guerrilheiros convocam jovens a pregar a guerra. “É impossível obedecer aos grupos guerrilheiros porque não podemos ir contra os princípios bíblicos.