Desafiando as pressões internacionais com negações insolentes, o regime cada vez mais isolado desse país no Chifre da África estreitou sua opressão às igrejas em 2006, matando cristãos por tortura e tirando com violência o controle de líderes e assuntos eclesiásticos.

A polícia de segurança matou dois cristãos em 17 de outubro, dois dias depois de os prenderem por realizar cultos em uma casa no sul de Asmara. Immanuel Andegergesh, 23 anos, e Kibrom Firemichel, 30 anos, morreram em razão das feridas causadas pela tortura e por severa desidratação em um campo militar nos arredores de Adi-Quala. Outros sete homens e três mulheres da igreja evangélica Rema foram mantidos em confinamento militar com Immanuel e Kibrom e sujeitados a "maus-tratos furiosos".

As mortes aconteceram depois que o governo prendeu novamente a cantora cristã popular Helen Berhane, que estava hospitalizada por passar 29 meses em um contêiner de metal. Ela foi libertada sem explicações no fim daquele mês. A perna de Helen ficou seriamente ferida por causa das agressões que ela recebeu por se recusar a negar sua fé, desde a sua prisão em maio de 2004.
 

Em maio, dois dias depois de uma mãe cristã ser levada de sua casa e presa pela polícia eritréia, seu filho de 6 meses morreu em Nefasit, ao leste da capital Asmara. Ghenet Gebremariam foi presa em 8 de maio com mais duas mulheres protestantes que também são mães e membros da igreja do Evangelho Pleno de Nefasit, uma igreja abolida pelo governo. Elas foram detidas sob acusações de "testemunhar ativamente sobre Cristo". Dois dias mais tarde, o bebê de Ghenet, Hazaiel Daniel, morreu de causas desconhecidas. Em seguida, Ghenet foi libertada sob fiança.

Em setembro, o governo eritreu exigiu que a igreja Kale Hiwot entregasse todas as suas propriedades e bens ao governo - todos os templos, escolas veículos e outros.

Em outubro, as autoridades eritréias detiveram 150 cristãos de cinco igrejas não-reconhecidas oficialmente. Contatos do país confirmaram à agência de notícias Compass que as autoridades policiais sujeitavam os cristãos presos a agressões e outros maus-tratos físicos. De acordo com testemunhas, havia 10 mães de bebês entre os novos prisioneiros, todas elas obrigadas a deixar seus filhos para trás.

A Eritréia baniu todos os grupos independentes que não estavam ligados às igrejas sancionadas pelo governo desde maio de 2002 (ortodoxa, católica, luterana ou credos muçulmanos). Mas, em 2006 as restrições e o controle chegaram a níveis sem precedentes, até mesmo sobre os quatro grupos reconhecidos.

Em dezembro, o regime retirou da igreja ortodoxa eritréia o controle financeiro e eclesiástico, exigindo que todas as ofertas e dízimos fossem depositados diretamente em uma conta do governo. Os salários mensais de todos os clérigos ortodoxos deveriam ser pagos desse fundo de renda da igreja, controlado pelo governo. O governo também limitou o número de sacerdotes por paróquia, especificando que qualquer clérigo "extra" deveria se reportar ao centro de treinamento militar Wi'a para fazer o serviço militar necessário. O regime do presidente Isaias Afwerki removeu o patriarca Abune Antonios de seu posto em agosto de 2005, e o colocou sob prisão domiciliar.