Stephen Charnock nasceu em 1628. Após os estudos preparatórios, ele ingressou no Emmanuel College, Cambridge, em 1642. Enquanto ali, ele experimentou o novo nascimento em Cristo e foi imbuído do desejo de espalhar o evangelho para todas as pessoas. Ele obteve o grau de Bacharel em Artes em 1646. Charnock mudou-se para Oxford para tornar-se membro do corpo docente do New College (1650), onde recebeu o grau de Mestre em Artes em 1652 e foi designado procurador em 1654. Em 1655, ele acompanhou Henry Cromwell à Irlanda como capelão, onde, escreveu Calamy, ele tinha "gente da classe alta e pessoas de qualidade da cidade como seus ouvintes". Charnock voltou para a Inglaterra em 1660. Em 1666, ele perdeu toda a sua biblioteca no grande incêndio de Londres. Em 1675, Charnock tornou-se co-pastor com Thomas Watson de uma congregação não conformista de Crosby Hall, Bishopsgate Street, Londres. Permaneceu ali até sua morte, em 1680.